Realizado en fábrica de ladrillo con basamento de piedra, el Paraninfo en sus alzados responde a unos principios compositivos muy claros enmarcados en la arquitectura académica del siglo XIX. La fachada principal presenta una disposición simétrica con una solución muy común a los edificios públicos de aquel siglo (desde el museo del Prado hasta la Biblioteca Nacional, con un juego de cuerpos adelantados y retranqueados). Asimismo, es de destacar la presencia de las cuatro estatuas sedentes en piedra blanca de Fonz, a través de las figuras de cuatro sabios: Andrés Piquer, Miguel Servet, Ignacio Jordán de Asso y Fausto de Elhuyar.
Originalmente el edificio Paraninfo fue sede de las Facultades de Medicina y Ciencias desde 1893 hasta 1973. Posteriiormente, y tras su restauración, el edificio está preparado para cumplir 3 funciones:
- la institucional, con la presencia del rectorado y el consejo social;
- la cultural, con nuevos espacios para exposiciones; y
- la científica, dedicada a congresos y eventos universitarios para la difusión del conocimiento científico.