La construcción del Canal se inicio en el último tercio del siglo XVIII, pero sus orígenes se remontan al siglo XVI, cuando surgió la idea de la Acequia Imperial. De este modo, Gil de Morlanes redactó un proyecto aceptado por Carlos I para construir la Acequia Imperial y durante 10 años se construyeron en Fontellas (Navarra) una presa de sillería aguas abajo de la actual, una casa de compuertas (el hoy llamado Palacio de Carlos V) y una acequia desde el bocal hasta Gallur. Pero no fue hasta mayo de 1772, gracias al impulso dado en el gobierno de Carlos III por el Conde de Aranda cuando se nombró protector del canal a Don Ramón de Pignatelli, cuya idea era construir un canal que comunicara el Cantábrico con el Mediterráneo. Diez años más tarde, en 1782, las aguas cruzaban el río Jalón por el grandioso acueducto que actualmente se encuentra en servicio, llegando también ese mismo año las aguas del Ebro a la ciudad de Zaragoza, mandando construir una fuente de gruesos chorros en las esclusas de Casablanca, como celebración y memoria de la llegada de las aguas del Ebro por vía del canal Imperial a la ciudad. Es la conocida Fuente de los Incrédulos.
En 1786 se inauguran los puertos de Casablanca y Miraflores y cuatro años más tarde, en 1790 se colocó la última piedra de la última nueva presa del bocal en Navarra.
Principales directores del Canal Imperial:
Francisco Xavier Larripa (1799-1803)
Juan Peñalver (1803-1810)
Pedro Lapuyade (1810-1814)
Mariano Royo y Urieta (1872-1900)
